Sur la base des résultats des suivis et des études réalisées, la CIPEL élabore des recommandations en vue d’atteindre une meilleure qualité des eaux et des milieux aquatiques, qu’elle adresse aux gouvernements suisse et français.
2025 : Connaître, surveiller et limiter les volumes d’eaux usées déversés dans l’environnement 
2022 : Formalisation d’un dispositif d’alerte franco-suisse en cas de survenue d’efflorescence algale
2022 : Amélioration de la naturalité des berges du Léman
2020 : Préservation des zones humides
2019 : Mise en œuvre et mise à jour des diagnostics réseaux
2018 : Pérennité et régularité des suivis de la qualité des eaux des rivières du bassin lémanique
2016 : Conciliation entre environnement et activités et infrastructures nautiques
2013 : Réduire les points d’amarrage dans les embouchures et supprimer les mouillages en pleine eau impactant les herbiers aquatiques
2013 : Limiter le risque de transfert de polluants vers les eaux
2011 : Réduire la pollution par les micropolluants et améliorer les connaissances sur la toxicité
2011 : Améliorer la surveillance du fonctionnement des systèmes d’assainissement
2011 : Réduire les eaux parasites et les déversements par temps de pluie
2011 : Considérer les zones humides dans l’aménagement du territoire
2011 : Lutter contre le développement des plantes invasives
