Vereinfachend kann man drei verschiedene ‘Stufen’ unterscheiden : Die erste wird von Politikern und hohen Funktionären zu gleichen Teilen aus Frankreich und der Schweiz gebildet. Diese Mitglieder arbeiten wie ein Regierungsrat und treffen sich einmal pro Jahr in einer Vollversammlung.

Eine Technische Unterkommission bildet die zweite ‘Stufe’ : Diese setzt sich aus Wissenschaftlern und Experten zusammen und besteht aus einem Ausführenden Komitee und einem Wissenschaftlichen Komitee. Das Ausführende Komitee überwacht die Umsetzung der Aktionspläne, während das Wissenschaftliche Komitee die Studien und Untersuchungen zu den Gewässern des Genferseegebiets koordiniert und die wissenschaftliche Überwachung sicherstellt. Die Technische Unterkommission wird von spezifischen Arbeitsgruppen unterstützt. Zusammen zählen das Ausführende Komitee, das Wissenschaftliche Komitee und die Arbeitsgruppen etwa 140 Personen, welche mehrheitlich Vertreter von Dienststellen Frankreichs und der Schweiz sind.

Die dritte ‘Stufe’ schlussendlich besteht aus einem ständigen Sekretariat in Changins. Dieses koordiniert die Arbeiten und leitet die administrativen, finanziellen, technischen und wissenschaftlichen Aufgabe