Pour simplifier, on peut distinguer trois "niveaux" : le premier est formé d’Elus et de hauts fonctionnaires français et suisses en nombre sensiblement égal. Ces membres fonctionnent comme un conseil d’administration et se réunissent un fois l’an en séance plénière.

Une Sous-commission technique forme le deuxième "niveau" : elle est constituée de scientifiques et d’experts et se compose d’un Comité opérationnel et d’un Conseil scientifique. Le premier supervise la bonne réalisation des plans d’action, alors que le second coordonne les programmes d’études et de recherches sur les eaux du bassin lémanique et assure la veille scientifique. La Sous-Commission technique s’appuie sur des groupes de travail spécifiques qui approfondissent les différentes facettes de la protection des eaux. Ensemble, le Comité opérationnel, le Conseil scientifique et les groupes de travail totalisent environ 140 personnes, qui sont en majorité des représentants des services de l’Etat aussi bien suisses que français.

Enfin, un secrétariat permanent basé à Lausanne forme le troisième "niveau". Il se charge de la coordination des travaux et de la gestion administrative, financière, technique et scientifique.