Die Mitglieder der acht Arbeitsgruppen der CIPEL sind Experten und Wissenschaftler aus Frankreich und aus der Schweiz, welche die CIPEL-Aufgaben im Rahmen ihrer Arbeit erledigen. Es handelt sich hauptsächlich um Vertreter :

 der betroffenen Dienststellen der Kantone Waadt, Wallis und Genf sowie des Bundes auf Seiten der Schweiz ;
 der betroffenen Dienststellen in Hoch-Savoyen und Ain sowie zusätzlich der ‘Agence de l’Eau Rhône-Méditerranée-Corse’ und dem Ministerium für Raumplanung und Umwelt auf Seiten Frankreichs.

Gewisse Universitäten und Forschungsinstitute sind ebenfalls darin vertreten.

Die Arbeitsgruppe Haushalt-Verschmutzung macht das Inventar der Abwasserreinigung (Anschlüsse, Netze, Abwasserreinigungsanlagen) und überwacht das Funktionieren der Abwasserreinigungsanlagen (ARA’s). Die Arbeitsgruppe Landwirtschaftliche Verschmutzung erfasst und untersucht die Einflüsse der Landwirtschaft auf die Gewässerqualität. Ausserdem fördert sie die Entwicklung und Anwendung von umweltschonenden landwirtschaftlichen Techniken.

Die Arbeitsgruppe Industrielle Verschmutzung hält ein wachsames Auge auf die industriellen Aktivitäten im Einzugsgebiet und erstellt ein Inventar der belasteten und potentiell gefährlichen Standorte.

Die Arbeitsgruppe Renaturierung, welche 1998 gegründet wurde, erfasst den Zustand der aquatischen Lebensräume, entwickelt allgemeine Empfehlungen im Bereich der Renaturierung und informiert und sensibilisiert die Leute.

Die Arbeitsgruppe Analysen und Methoden wählt die Analysemethoden aus und kontrolliert die Qualität der ausgeführten Untersuchungen.

Die 2004 geschaffene Arbeitsgruppe Mikroschadstoffe ist verantwortlich für die wissenschaftliche Ueberwachung der im aquatischen Oekosystem des Genfersees vorhandenen Mikroschadstoffe und deren mögliche schädliche Auswirkungen.

Die Arbeitsgruppe Zusammenarbeit FR-CH im Falle von Verschmutzungen stellt die Zusammenarbeit zwischen den Interventionszentren Frankreichs und der Schweiz bei Unfällen mit Kohlenwasserstoffen oder anderen wassergefährdenden Substanzen sicher.

Die Arbeitsgruppe Öffentlichkeitsarbeit befasst sich mit der Entwicklung und Umsetzung von Mitteln zur Information und Sensibilisierung der Öffentlichkeit.